После ряда кровавых терактов в конце концов службе, по словам самого Патрушева, удалось переломить ход борьбы и уничтожить основных лидеров террористов. Патрушев был верным путинцем, реализатором его задач, говорит источник в одном из силовых ведомств. При Путине Лубянка стремительно восстанавливала свой потенциал. В 2003 г. в ее состав вернули пограничников и часть бывшего ФАПСИ. Чекисты появились повсюду — на ключевых должностях в МВД, других ведомствах, естественных монополиях. Близость Патрушева к Путину сделала его непотопляемым. Поэтому он пережил на своем посту и провалы в борьбе с терроризмом в первое время, и межгрупповые конфликты, в которые были вовлечены чекисты, вроде дела “Трех китов” и скандала о контрабанде ширпотреба. Хотя его ближайшие сотрудники вроде начальника управления собственной безопасности Сергея Шишина были тогда уволены. Большое внимание Патрушев уделял также развитию волейбола, став руководителем федерации этого вида спорта.